Para evitar que ocorra acumulo de sujidades no equipamento de ordenha é necessário que se faça a limpeza com substâncias apropriadas e na concentração indicada pelo fabricante, compreendendo três etapas no processo:

1ª) Pré-lavagem – deve ser feita com água fria, e tem como finalidade remover os resíduos de leite que se aderem ao equipamento;
2ª) Lavagem principal – utiliza-se uma solução de limpeza apropriada a equipamentos de ordenha (detergente alcalino) em água aquecida entre 70º e 80ºC no início e 40ºC no final do enxágüe, deixando o conjunto funcionar por 10 minutos para remover todo o resíduo;
3ª) Enxagüe final – é realizado com água fria em abundância para remoção completa da solução de limpeza, mantendo-se o conjunto em funcionamento durante 5 minutos. Uma vez por semana ou a cada 15 dias, inclui-se antes da lavagem principal um detergente ácido, específico para ordenhadeiras mecânicas.

A função do detergente alcalino-clorado é quebrar e dissolver as moléculas de gordura (alcalinidade) e proteínas (cloro), já o detergente ácido tem a função de remover os depósitos minerais que se depositam nas tubulações.
 

Outro grande fator a ser observado é a avaliação do correto funcionamento do equipamento de ordenha, que deve ser feito por técnico especializado, com a utilização de aparelhos de precisão, a cada seis meses para fazer a aferição do nível de vácuo e a avaliação individual do funcionamento dos pulsadores.

A máquina de ordenha quando não está funcionando normalmente pode provocar lesões nos tetos das vacas, o que pode ser porta de entrada para agentes patogênicos para dentro do úbere, levando as mastites. Por exemplo, o equipamento com nível elevado de vácuo predispõe a ocorrência de hiperqueratose (aumento da pele que recobre a região do canal do teto e orifício) nos tetos aumentando risco de infecções intramamárias. Por outro lado, o nível baixo de vácuo pode acarretar deslizamento ou queda das teteiras podendo levar a um fluxo reverso de leite para a glândula aumentando o risco de entrada de microorganismos causadores de mastite. Alteração nas fases de pulsação com massagem insuficiente pode acarretar no aumento de novas infecções, também podem ocorrer lesões nos tetos devido ao mau uso do equipamento tornando-os susceptíveis à penetração de microorganismos infecciosos na glândula mamária.

A troca periódica de mangueiras garante a qualidade da ordenha, evitando alterações no nível de vácuo do equipamento. Além disso, as teteiras devem ser trocadas de acordo com a especificação do fabricante, pois teteiras velhas diminuem a elasticidade reduzindo a massagem aos tetos e limita a retirada total do leite, diminuindo a produtividade. Além disso, o uso de produtos químicos na limpeza ocorre a formação de rachaduras na borracha, permitindo a instalação de microorganismos causadores de mastite que podem vir a infectar glândulas mamárias sadias.     

Para que a higiene e manutenção adequada dos equipamentos de ordenha funcionem eficazmente visando a obtenção de leite de melhor qualidade e para prevenir e/ou reduzir a níveis toleráveis as infecções da glândula mamária do rebanho é necessário garantir que as outras etapas da produção leiteira estejam sendo rigorosamente realizadas. Para isso, é importante a capacitação e treinamento constante da equipe dos funcionários responsáveis pelo manejo na propriedade rural.